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部支持设立，卫生部给予技术指导的国家级心脑血管疾病防治重点实验室1个。2007年以来，学校主持承担国家自然科学基金及部委项目49项，国家社会科学基金项目2项，省、厅、市级研究课题1176项，总资助经费2699.5万元。获省部级各类奖项59项，获专利9项，发表SCI、EI、ISTP收录论文147篇，编写著作和教材151部。学校主办的《赣南医学院学报》在国内外公开发行，系江西省先进科技期刊，被中国学术期刊等多个数据库全文收录，协办《Neuroscience Bulletin》、《中华医学教育杂志》和《求实》等杂志。
学校坚持“育人为本、德育为先、能力为重、全面发展”的育人观，坚持“教学立校、科研兴校、人才强校、文化铸校”的办学方略，坚持“宽口径、厚基础、重实践、求创新”的教学理念，以学科建设为龙头，在加强制度建设的同时，强化专业建设、课程建设、实验室建设和实践基地建设。以人才市场需求为导向，以人的全面发展为根本，不断深化教育教学改革，教育教学工作取得了显著成效。创新人才培养模式，顺利完成赣州市政府农村订单定向医学生培养项目，独立承担国家教育体制改革试点项目——探索“五年制”乡镇及社区医务人员定向培养模式。学校现有国家特色专业2个，教育部、卫生部卓越医生教育培养计划2项，教育部专业综合改革试点项目1项，国家级大学生校外实践教育基地建设项目1个，省特色专业4个，省卓越医生教育培养计划2项，省卓越工程师教育培养计划1项，省专业综合改革试点项目4项，省高校人才培养模式创新实验区3个，省高校优秀教学团队4个，省高校实验教学示范中心4个，省精品课程15门，省双语教学示范课程3门，省精品资源共享课9门等81项各级各类本科教学工程项目。学校办学70余年，为社会培养输送了各级医疗卫生技术人才近4万人，71.4%毕业生服务于基层医疗卫生单位并成为专业技术骨干，也有众多赣医学子成为海内外著名专家、学者和学科带头人。
学校积极开展国际、国内合作与交流。学校与美国林肯纪念大学、澳大利亚维多利亚大学、英国伯明翰城市大学、日本国中医学院、韩国大邱韩医大学、印度夏尔达大学和德国心脏中心（柏林）等国外院校及医疗机构建立了合作关系。2005年开始招收来华留学生，2007年开始向英国、澳大利亚、日本、韩国、印度和菲律宾等国家派遣留学生和毕业生。2007年以来，举办国家级、省级继续医学教育项目和新技术推