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首都医科大学建校于1960年，是北京市重点高等院校，已故著名泌尿外科专家、两院院士、全国人大常委会副委员长吴阶平教授为首任校长。现任党委书记李明教授，校长吕兆丰教授。
学校校本部设有10所学院和1所研究院，包括基础医学院、公共卫生学院、化学生物学与药学院、生物医学工程学院、中医药学院、卫生管理与教育学院、护理学院、燕京医学院、全科医学与继续教育学院、国际学院;北京脑重大疾病研究院。学校现有19所临床医学院暨附属医院，包括首都医科大学宣武医院(第一临床医学院)、附属北京友谊医院(第二临床医学院)、附属北京朝阳医院(第三临床医学院)、附属北京同仁医院(第四临床医学院)、附属北京天坛医院(第五临床医学院)、附属北京安贞医院(第六临床医学院)、附属复兴医院(第八临床医学院)、附属北京佑安医院(第九临床医学院)、附属北京胸科医院(第十临床医学院)、北京三博脑科医院(第十一临床医学院)、附属北京地坛医院(第十二临床医学院)、附属北京儿童医院(儿科医学院)、附属北京口腔医院(口腔医学院)、附属北京安定医院(精神卫生学院)、附属北京妇产医院(妇产医学院)、附属北京中医医院(中医药临床医学院)、附属北京世纪坛医院(肿瘤医学院)、中国康复研究中心(康复医学院)和附属北京康复医院(北京康复医学院)，以及预防医学教学基地(北京市疾病预防控制中心)。学校还设有37个临床专科学院、专科学系。
学校学科力量雄厚。现有8个国家重点学科，2个国家重点(培育)学科，56个国家临床重点专科(含中医)，14个国家中医药管理局重点(培育)学科，4个北京市一级重点学科，6个北京市二级重点学科，1个北京市重点交叉学科，2个北京市一级重点建设学科，6个北京市二级重点建设学科，1个北京地区高等学校学科群。3个国家临床医学研究中心,1个省部共建国家重点实验室培育基地，3个教育部重点实验室，1个教育部省部共建重点实验室，32个北京市重点实验室。有8个一级学科博士学位授权点和11个一级学科硕士学位授权点;按照三级学科统计，有59个博士学位授权点和78个硕士学位授权点。有9个博士后科研流动站。
学校本专科专业齐全，设置的七年制专业中有临床医学(包括儿科方向)和口腔医学;本科专业中有临床医学、基础医学、口腔医学、预防医学、药学、中医学、中药学、护理学、生物医学工程、假肢矫形工程、康复治疗学、公共事业管理(卫生管理)、医学实验技术、法学(卫生法学)、临床药学、医学检验技术等16个专业。高职高专教育设有护理、医学检验技术、药学等14个专业。现有全日制在校生10132人，其中研究生2943人，长学制学生1559人，本科生3214人，高专高职生1983人，留学生433人;成教学生4654人。学校培养医学与医学相关学科的学术型和应用型人才，形成了全方位、多层次、创新型人才培养模式。
学校目前有教育部、卫生计生委“卓越医生教育培养计划”试点项目4个，7个国家级特色专业和10个北京市级特色专业，7门国家级精品课程和18门市级精品课程，2个国家级实验教学示范中心和5个市级实验教学示范中心，3个国家级人才培养模式创新实验区和1个市级人才培养模式创新实验区， 1个国家级大学生校外实践教育基地，4个北京市级校外人才培养基地和1个素质培养基地，7个国家级优秀教学团队和11个市级优秀教学团队，1名国家级教学名师和16名市级教学名师。通过教育教学改革实践，近五年学校获得教育教学成果国家特等奖1项、二等奖2项;北京市特等奖1项、一等奖6项、二等奖10项。
学校具有较强的学术发展与科研实力，在校本部和附属医院拥有一批国家级和市级重点学科和重点实验室的基础上，建有高水平的国家级、市级研究和培训机构，如国家生命科学与技术人才培养基地、卫生部全科医学培训中心、北京市全科医学培训中心、首都卫生管理与政策研究基地等。有1个国家工程技术研究中心、4个教育部工程研究中心、7个北京市工程技术研究中心。近5年来，学校承担了国家“973”、“863”、国家自然科学基金、国家社会科学基金、北京市自然基金，以及国家教育部、卫生计生委、科技部、北京市科委、北京市教委等科研项目2319项(其中国家级科研项目1137项)，累计科研经费16.9亿元;获得各类各级奖励84项，其中国家科技进步奖8项、北京市科技奖29项、教育部高等学校科学研究优秀成果奖21项、中华医学科技奖20项、何梁何利科学与技术进步奖1项、吴阶平医学奖3项、北京市哲学社会科学优秀成果奖2项;获得专利授权297项。神经生物学、细胞生物学、基础免疫学、医学图像处理、生物信息检测与处理、神经内科、神经外科、心脏内外科、肾移植、呼吸内科、消化内科、口腔生物医学、眼科、耳鼻咽喉科、小儿血液病等在国内外享有较高的声誉。
学校和附属医院现有教职员工和医务人员35128人(校本部1560人，附属医院33568人)。有院士6人，特聘顾问11人，正高职称1875人，副高职称3275人。其中教授667人(校本部88人，附属医院579人),副教授1114人(校本部196人，附属医院918人);博士生导师362人(校本部80人，附属医院282人)，硕士生导师745人(校本部111人，附属医院634人)。有4个教育部创新团队;1个科技部重点领域优秀创新团队;校本部和附属医院总占地面积136.1万平方米(校本部24.7万平方米,附属医院111.4万平方米);总建筑面积224.4万平方米(校本部33.9万平方米，附属医院190.5万平方米);固定资产总值160.1亿元(校本部15.9亿元，附属医院144.2亿元);教学科研仪器设备总值28.8亿元(校本部10.5亿元，附属医院18.3亿元);图书馆藏书126.7万册(校本部80.4万册，附属医院46.3万册);住院病床16555张。
学校有良好的教学科研辅助设施，建有图书馆、档案馆、医学实验与测试中心、信息与通讯中心、现代教育技术中心、临床检测中心、实验动物部、学报编辑部、校史馆、中医研修学院及首都国医名师馆、生命与健康博物馆(筹)、后勤服务集团、校医院等健全的技术服务平台。
学校十分重视国际、国内交流与合作，先后与美国、加拿大、澳大利亚、英国、瑞典、挪威、香港、台湾等30多个国家和地区的高校和相关单位签订了友好交流合作协议。先后接待50多个国家和地区的专家学者和学生数百人来校进行学术交流和参观访问。目前，我校聘请的外籍专家共24人，聘请的外国及港澳台地区客座教授67人;在校学历教育海外学生467名，覆盖40多个国家和地区。学校海外学生涵盖了本科、硕士、博士研究生及进修生。同时，学校积极选送教师、科研人员和管理干部出国进修，参加学术会议和考察访问。
建校50多年来，学校形成了“扶伤济世、敬德修业”的校训、“爱国奉献、艰苦奋斗、救死扶伤、严谨求实”的校风和“勤学、博思、求精、创新”的学风，并形成了比较完整的学校文化标识系统。同时，不断以首医人的奋斗历程丰富着“首医精神”的文化宝库，激励着首医人继续团结奋进。
校党委始终把加强党的先进性建设、推动事业科学发展作为学校党建和思想政治工作的根本出发点和落脚点，“在冲锋中建先锋”的党建理念深入人心。学校坚持育人为本、德育为先，不断加强学生德育和教育管理工作。2007年，学校获评北京市党建和思想政治工作先进高校。
全体首医人求真务实、齐心协力、自主创新、和谐发展，正在努力将首都医科大学建设成为立足首都、面向全国、走向世界，国内一流、国际知名的医科大学。